神秘矿石通常指的就是游戏里最为稀有且价值极高的铱矿石。这种闪烁着深邃紫色光泽的矿石是后期制造顶级工具、升级建筑乃至完成某些特殊工艺品的核心材料。它并不会在普通的矿井中大量生成，其最主要的集中分布区域位于沙漠地图的头骨山洞。这是一个充满挑战的进阶矿洞，需要玩家先获取骷髅钥匙才能进入，其层数无限向下延伸，而铱矿石的丰度与层数深度直接相关。
探索头骨山洞是获取大量铱矿的最高效途径。从山洞的第70层开始，地图上就有概率出现铱矿矿点，虽然初始数量不多，但标志着你已进入铱矿的生成区间。你不断使用楼梯或梯子向更深层前进，例如到达100层以后，每个楼层中出现多个铱矿矿点的几率会显著提升。有经验当你冒险深入到300层之后，铱矿点的数量可能会多到如同普通石头一样随处可见，当然这也意味着你将面临更严峻的怪物挑战。击败该矿洞中的紫色史莱姆也有一定概率直接掉落铱矿石或铱锭。
除了头骨山洞，游戏中还有其他一些地点可以找到铱矿石，但产量相对不稳定或稀少。在普通矿井的极深处，大约115层到120层之间，有非常小的几率会出现零星的铱矿点，但这并不作为推荐的主要采集方式。解锁后的火山地牢（位于姜岛）的某些层数也可能生成铱矿，其特殊环境增加了稀有矿物的出现概率，不过同样需要玩家做好战斗准备。采石场也是一个可以考虑的地点，那里的矿点会随时间刷新，偶尔能采到铱矿石，优点是不必应对矿洞内的战斗，缺点是刷新周期较长且完全看运气。
除了直接开采，还有一些间接方式有机会获得这种珍贵矿石。旅行货车（猪车）会随机出售商品，其中偶尔会刷出铱矿石，只是价格偏高且完全随机，适合急需时碰碰运气。另一种方式是敲击特定的晶球，在铁匠处打开万象晶球或岩浆晶球时，有较小的概率能获得铱矿石。在矿井的115-119层，这些晶球本身也更容易出现。将采矿技能升级到特定方向（如5级时选择地质学家，10级时选择挖掘专家）也能从技能层面提升你获得稀有矿石的概率。
