游戏中的boss按照进度可分为肉山前、肉山后、活动boss和特殊boss四大类。肉山前boss包括史莱姆王、克苏鲁之眼、世界吞噬怪、克苏鲁之脑、蜂王、骷髅王、血肉墙和鹿角怪。肉山后boss则包含史莱姆皇后、双子魔眼、毁灭者、机械骷髅王、世纪之花、光之女皇、石巨人、猪龙鱼公爵、邪教徒和月亮领主。活动boss则与节日相关，如复活节的哀木、圣诞节的圣诞坦克、春节的春节龙等。特殊boss如机械美杜莎仅在天顶世界出现。
克苏鲁之眼作为游戏早期boss，会在夜晚自然生成，玩家也可使用可疑眼球召唤。它的攻击分为两个阶段，第一阶段会冲刺攻击，第二阶段会召唤小弟助战。世界吞噬怪在腐化之地生成，可通过破坏暗影珠或使用蠕虫诱饵召唤。这个由多节组成的蠕虫类boss，每节被破坏后会分裂成独立个体。蜂王栖息在地下丛林的蜂巢中，破坏幼虫即可召唤，它会释放蜜蜂和毒刺攻击。骷髅王守护着地牢入口，夜晚与老人对话选择诅咒即可召唤，白天会进入狂暴状态。
血肉墙作为肉山前最终boss，需要将向导巫毒娃娃投入地狱岩浆召唤。这个横向移动的巨型boss会释放大量小怪，击败它将开启困难模式。肉山后的机械三王包括双子魔眼、毁灭者和机械骷髅王，它们会在夜晚自然生成或使用相应召唤物召唤。世纪之花生长在地下丛林，破坏其球茎后出现，会使用藤蔓和孢子攻击。石巨人位于丛林神庙最深处，使用电池激活祭坛后出现，具有多种攻击形态。
月亮领主作为游戏最终boss，在击败拜月教邪教徒和天界柱后出现。这个体型巨大的boss会释放多种致命激光和眼球攻击。猪龙鱼公爵需要在海洋中使用松露虫钓鱼召唤，具有高速冲刺和气泡攻击能力。光之女皇则需击杀七彩草蛉召唤，以其华丽的弹幕攻击著称。特殊boss机械美杜莎由机械三王组合而成，只存在于特定种子世界。
