玩家可以捕捉到多种传说中的宝可梦，这些神兽不仅拥有独特的外观，还具备强大的战斗能力。游戏中的神兽分布在特定的地点，通常需要玩家完成主线剧情或满足特定条件才能遇到。固拉多和洛基亚是游戏中的两大核心神兽，它们分别隐藏在陆地洞窟和海之洞窟中，玩家需要通过天气研究所的线索来定位它们的位置。烈空坐则栖息在天空之柱的顶层，捕捉它需要玩家具备一定的骑行技巧和战斗准备。这些神兽的加入能让玩家的队伍实力大幅提升，同时也增添了探索的乐趣。
固拉多和洛基亚的捕捉过程与游戏中的天气机制紧密相关。玩家在通关后或完成双鹿市剧情后，可以前往天气研究所二楼与科学家对话，获取关于异常天气的提示。根据提示，玩家会找到新出现的洞窟或潜水区域，固拉多出现在陆地洞窟，而盖欧卡则位于海之洞窟，需要通过冲浪和潜水才能到达。这两只神兽的等级通常为70级，建议玩家携带高级治疗道具和捕捉工具，如超级球或大师球，以应对高难度的战斗。
烈空坐的捕捉地点在天空之柱，玩家从131号水道进入后，需要利用风马自行车以三级速度通过内部的裂缝区域才能到达顶层。这只神兽等级较高，捕捉时容易因血量控制不当而失败，因此许多玩家选择使用大师球来确保成功。天空之柱的路径较为复杂，初次尝试可能需要耐心调整骑行速度，避免掉落至下层重复探索。三神柱包括雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，捕捉它们需要完成一系列预备步骤。玩家必须先捕获古空棘鱼和吼鲸王，并将吼鲸王放置在队伍首位、古空棘鱼放置在末位，然后在布告石室调查中央石板以触发事件。玩家分别前往沙漠遗迹、看看洞和古代坟墓，使用碎岩或闪光等技能打开隐藏的洞口。每只神柱的等级约为40级，出现概率较低，需要玩家反复尝试才能遇到。
游戏中还有许多其他神兽分散在不同区域，例如闪电鸟位于新银叶内部，急冻鸟在流星瀑布深处，火焰鸟则出现在通关后的道利洞一层。这些神兽的等级从30到60不等，出现概率也各不相同，有些如雪拉比在119号道路的草丛中概率极低，而水君在流星瀑布水面几乎必定遇到。玩家在探索时应注意携带多样化的道具，并利用存档功能来反复尝试捕捉，以提高成功率。捕捉神兽时，玩家需要合理运用战斗策略和道具。建议先将神兽的HP削减至红色区域，但避免使其濒死，然后使用睡眠技能控制状态，再投掷高级精灵球如超力怪兽球或达伊玛球。如果神兽醒来，可以重新加载存档继续尝试。确保队伍中有具备治疗或控制技能的宝可梦，可以帮助稳定战斗局面，让捕捉过程更加顺利。
